Cauza aftelor bucale este de obicei o micoza (in special Candida albicans), ea afectand atat adultii, cat si copin. La femei deseori micoza este prezenta si in gin. Tratamentul include aplicarea de antibiotice si/sau antimicotice, sub control medical, in scopul diminuarii proliferarii ciupercilor (prezente in general la toti oamenii, dar la un nivel inferior aparitiei afectiunii).In cadrul aromoterapiei se recomanda folosirea uleiului de Landa, Mirh, Ti-Baum, cu efecte fungicide demonstrate. Se folosesc sub forma de bai, aplicatii locale, gargara si clatirea cavitatii bucale, spalaturi ginale, in ultimele trei cazuri sub forma diluata in apa calduta sau ceai.
Tratamentul poate sa se prelungeasca la 3-4 luni, pana cand analiza de laborator (cultura) este negati, adica proliferarea micozei a ajuns sub controlul sistemului imunitar.